的iGenomics应用程序完全在iOS设备上运行,减少了现场对笔记本电脑或大型设备的需求,这对流行病和生态工作者很有用。Aspyn Palatnick在CSHL兼职副教授Michael Schatz的实验室编写了8年的基因组学程序,从他14岁的高中实习生开始。
这款iPhone应用程序的开发是为了补充这款小巧的手机DNA由牛津纳米孔公司制造的测序设备。帕拉特尼克现在是Facebook的一名软件工程师,在加入Schatz实验室时,他已经有了开发iPhone应用程序的经验。他和沙茨意识到:“随着测序器变得越来越小,现在还没有技术可以让你在移动设备上研究DNA。DNA的大部分研究:比对、分析,都是在大型服务器集群或高端笔记本电脑上完成的。”
Schatz认识到,研究流行病的科学家“在装满了纳米孔以及笔记本电脑和其他服务器来进行远程分析。“基因组学有助于使基因组研究更方便、更容易和更实惠。
用户可以通过AirDrop对彼此的数据进行测序,从而在最偏远的地方进行DNA分析——即使是那些没有互联网接入的地方。基因组学甚至可能很快就会进入宇航员的手中,Schatz描述道:“在太空中做DNA测序很有兴趣。我想看看是否有办法把基因组学带到那里。有很多人对此感兴趣。这是一个真正的证明,证明了在普通电脑上做任何分析都是不可能的。带着他们是不可能的。”
在《Gigascience》杂志上,Palatnick和Schatz报告说,基因组学算法可以快速绘制病毒病原体的DNA序列,如流感病毒或寨卡病毒,并识别对诊断和治疗重要的突变。它们还提供了分析其他病毒基因组的在线教程,如SARS-CoV-2患者的基因组。
Schatz梦想这个设备将帮助野外工作者和公民科学家:“今天,我们都把专业相机放在口袋里,所以不难想象,在未来几年,我们所有人都在智能手机上携带自己的DNA测序仪。我们有很多机会测量我们的环境,寻找病原体,甚至可能对自己进行扫描。”
来源:冷泉港实验室